مدرسهٔ خان مدرسه‌ای تاریخی است که توسط الله‌وردی خان گرجی و پسرش امام قلی خان در شهر شیراز و همزمان با حکومت شاه عباس صفوی ساخته شده‌است. الله‌وردی خان گرجی با این اقدام خود، دانشگاهی به مفهوم واقعی آن روز بنیان گذاشت، که در آن افزون بر حکمت، فقه، ادب، نجوم، علم حساب، هندسه، زمین‌شناسی، جانورشناسی، گیاه‌شناسی و شیمی تدریس می‌شد. ملاصدرا در پناه فرهنگ دوستی و آزاداندیشی الله وردی خان گرجی تألیفات فراوانی از خود بر جای گذاشت، اما مهم‌ترین حاصل عمر وی بنیاد نهادن حکمت متعالیه بود. بدین وسیله یک گرجی مسیحی زاده به عالم تشیع خدمتی عظیم نمود.

این مدرسه، هنگام آبادانی یکصد حجره برای اقامت یکصد طلبه داشته‌است و چهار طرف آن چهار باغ برای تفریح طلاب بوده‌است. الله وردی خان که از سال ۱۰۰۴ تا ۱۰۲۲ حاکم فارس بود، مردی آزاداندیش بود و روحیهٔ این سردار آزاده با انزواء و حبس افکار آزاداندیش و الهی سازگار نبود. به همین خاطر وی ملاصدرا را که توسط علمای اصفهان تکفیر و در کهک قم تبعید شده بود به شیراز دعوت کرد. او نامه‌ای بدین مضمون به ملاصدرا نوشت: «من نمی‌توانم به کهک بیایم تا بتوانم از محضر درس شما استفاده کنم و به همین جهت در شیراز بنای مدرسه‌ای را برای شما شروع کرده‌ام و همین که تمام شد اطلاع می‌دهم که بیایید و در این مدرسه تدریس کنید».

از ویژگی‌های این مدرسه، این است که شمار برخی اندام‌های آن بر پایه اعداد مقدس بوده‌است. شمار حجره‌های آن ۹۲ است که به حروف جمل، نام مبارک پیامبر اکرم (ص) در می‌آید، ۵ مدرس و ۱۲ راهرو داشته برابر پنج تن و دوازده امام؛ و دارای ۱ مسجد است. با افزودن شماری از این اندام‌ها برهم عدد ۱۱۰ اسم حضرت امیر (ع) بدست می‌آید. افزون برا آن چهار اتاق دیگر یعنی اتاق گیاه‌شناسی، اتاق خادم، اتاق چراغدار و اتاق مؤذن هم هست که روی هم ۱۱۴ بدست می‌آید که تعداد سوره‌های قرآن است.